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PystanでCovid19実行再生産数解析

4 min read

数理モデルによる実効再生産数推定

ref

実効再生産数 Rt とは

あるウイルスが1人の感染者から平均何人にうつるかを示す数値で、ウイルス感染状況の目安、数値が1なら、平均で患者1人が別の接触した1人に感染させることを意味する。

image.png

データ集計

Data source https://github.com/contactmodel/COVID19-Japan-Reff



.dataframe tbody tr th {
    vertical-align: top;
}

.dataframe thead th {
    text-align: right;
}

Number of data: 15398

まずは日付ごとの人数のデータを作ります。

  • 発病日(onset)があるデータ(12526人)については発病日を使います。日付ごとに人数の合計を算出します。
  • その他のデータ(2872人)については、診断日 (confirmed) または報告日(report)を報告日と呼んで、日付ごとに人数の合計を算出します。
  • なお、発病日と報告日を両方持っている人は(悲しいことに)存在しません。


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